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14 octobre 2010 4 14 /10 /octobre /2010 07:58

   Depuis la publication de l’étude des chercheurs du Montana, du Texas, de Mexico et du Centre biologique et chimique de l'US Army Edgewood dans la revue PloS ONE, et le battage médiatique qui l’a accompagné aux USA, plusieurs scientifiques de premier plan travaillant sur l’abeille ne cachent pas leur irritation. Et les critiques pleuvent ! Premier à dégainer, sur le site internet de la revue PLoS ONE, Leonard J. Foster, professeur associé au Centre de biologie de haut-débit du Département de biochimie et biologie moléculaire de l’Université de Colombie britannique (UBC) à Vancouver. Contacté hier, il m’a longuement exposé ses griefs.

L'absence de données clés

« Mon commentaire critique, publié sur le site de PLoS ONE, peut sembler un point de détail pour spécialistes, mais il est très important.  Car il y a de sérieuses incohérences dans ce que Bromenshenk et ses collègues ont publié et ce que d’autres ont rapporté précédemment. Sans être en mesure de voir comment cette équipe a conduit ses expériences [du fait de l’absence de publication notamment de leurs données sur l'ensemble des séquences de protéines, NDA], il est complètement impossible d’évaluer quels résultats sont valides.

« En outre, poursuit-il, d’après ce que les auteurs indiquent dans leur article, il semble qu’ils ont fait une hypothèse de départ fondamentalement erronée. Ils supposent, en effet, qu'il n'y a aucune protéine d'abeille dans les échantillons qu'ils ont analysés pour trouver l'IIV. Cette hypothèse a toutes les chances d’être erronée, parce que leurs échantillons sont issus d’abeilles écrasées. »

Esp-ces-sauvages 4729© Marcello Pettineo

En effet, c’est à partir d’abeilles réduites en bouillies - au blender ! -  que l’on extrait d'ordinaire les protéines des différents organismes qu’elles contiennent puis, par comparaison avec des banques de données de séquences des protéines d’organismes divers, on recherche à identifier les microbes auxquels ils appartiennent. Ce qui n’est pas si aisé, car entre organismes, surtout entre hôtes et parasites ou virus qui ont pu coévoluer depuis longtemps, il existe des séquences de protéines communes... « Ils ont pu alors très facilement confondre des protéines du virus IIV avec des protéines d'abeille. Et cette erreur peut mettre en cause totalement leur affirmation sur la présence d’IIV dans les échantillons. Aussi, jusqu’à ce qu’ils fournissent les informations et les données qui permettent à d’autres d’évaluer leurs méthodes, je  reste extrêmement sceptique sur cette présence d’IIV dans tous les  lots d’abeilles, et plus encore sur le fait qu’il est la cause du syndrome d'effondrement (CCD). »

Non-publication ou dissimulation ?

Même critique cinglante de son collègue Jay Evans, spécialisé en génétique et immunologie de l’abeille au Service de recherche agricole du Maryland (USDA-ARS), qui déplore, en ligne, que ce manque de transparence ne « permet pas de contrôler les données réelles de cette étude ni si ce virus IIV est vraiment aussi largement diffusé dans les ruches. » Plus ironique, Evans exhorte les auteurs de cette découverte : « Vos affirmations incroyables exigent au moins une évidence crédible, et vous devriez afficher fièrement les données soutenant une découverte aussi extraordinaire ! »

En réponse à mes questions, son patron, Jeff Pettis qui dirige le laboratoire de recherche sur l’abeille du Maryland, enfonce le clou sur ce manque de transparence, élémentaire en science. Et lorsque les auteurs de PLos ONE assurent que « le virus  IIV, interagissant avec le micro-champignon Nosema ceranae est la cause probable des pertes d’abeilles aux USA, en Europe et en Asie. », la réaction de Pettis est sans appel : « Je n’y crois pas du tout ! Pour moi les facteurs premiers du déclin des colonies demeurent une alimentation pauvre ou insuffisante ainsi que l’exposition des abeilles aux pesticides. Les pathogènes sont des menaces secondaires. »

Bob Cramer du Montana plaide leur bonne foi et un manque de temps : « En tout premier lieu, je tiens à vous dire que nous ne cachons rien et nous sommes très déçus que les Dr. Evans et Dr. Foster aient choisi cet angle de critiques. Notre article à été supervisé et relus par de nombreuses personnes dans le cadre normal du processus de supervision par des pairs anonymes (the peer-review process). Cela étant dit, ils ont raison sur le fait que les données brutes doivent être publiées, et cela était prévu comme l’indiquent nos références dans cet article. Les données brutes ont été produites par le Centre biologique et chimique de l'US Army Edgewood (ECBC). Or, lorsque notre article a été accepté pour publication par la revue, l’ECBC était encore en train de travailler au rapport technique sur ces données (intégrant toutes les données brutes). L'édition et le processus d'habilitation ont pris plus de temps que prévu, malheureusement. Mais je peux vous dire que tout ce qui a été diffusé par l’US Army a bien été revu par les correcteurs, édité, et a reçu une habilitation. Nous avons la séquences de peptides des protéines dans un fichier Excel, prêt à être posté à la revue PLoS ONE.  Ce fichier comptant environ 2 000 lignes, nous attendons juste de savoir comment la revue souhaite que nous leur transmettrons ces imposantes données de base. »

Esp-ces-sauvages 5526

                                                                                                                                                  © Marcello Pettineo

Inimitiés et divergences

   Réjouissons-nous de cette diffusion publique imminente et attendons l’analyse critiques des autres scientifiques. Une chose est sûre, il ne faut pas sous-estimer, ici comme ailleurs, la part des inimités et des rivalités entre équipes, sur un sujet aussi médiatisé et important pour l’agriculture que le déclin des pollinisateurs. Les lecteurs doivent savoir à ce propos que depuis le début des investigations aux États-Unis sur ce fameux syndrome d’effondrement des colonies d’abeilles (CCD), la coopération est difficile entre cette équipe du Montana, réunie autour de Jerry Bromenshenk,  et le noyau du groupe de travail  sur le CCD, créé dès en avril 2007 par les équipes de l’USDA du Maryland et de Pennsylvanie. L'équipe du Montana a d’ailleurs suspendu sa participation active à ce groupe de travail[1], préférant conduire de leur côté, et avec son réseau (notamment les militaires du Centre), leurs propres recherches.


[1] En avril 2007, le groupe de travail sur le CCD (CCD Working Group) s'est réunit  pour la première fois avec des scientifiques de l’USDA-ARS et des universités de Pennsylvanie, du Maryland, de Floride, du Montana, de l’Illinois, de Caroline du Nord, d’Arizona et de la Columbia à New York, ainsi que les représentants de plusieurs départements des ministères de l’Agriculture, de l’Environnement et de la Défense.

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Published by Vincent Tardieu - dans Déclin des abeilles
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